不过，此时的卢循并不知道东晋的实况，他从被俘士兵口中得知刘裕回来的消息，心里就害怕起来，一直在犹豫着要不要继续进攻，这也就为刘裕布防赢得了关键的时间。后来，在徐道覆的强烈建议下，卢循才勉强同意进攻建康。但此时的建康城已经在刘裕的带领下做好了防卫准备，卢循在城下进攻了无数次，都未能取得任何进展。两个月时间很快就过去，卢循还是一无所获，最终因兵疲粮缺，只好退兵浔阳。
因以逸待劳地防守，刘裕的军队得到很好的休整，卢循撤退后，刘裕就亲率大军追击，在破冢（今湖北江陵）、大雷（今安徽望县）等地大败卢循军。取得几次胜利后，刘裕便返回建康，派遣其他将领继续追击，最终卢循、徐道覆一个兵败自杀、一人力战而死，起义被镇压。刘裕的威望也因此得到进一步的提升，官升至太尉。
史家点评：
可惜，刘裕只是半截英雄。他的目标不是统一中国，而是皇帝宝座。
